Del año 1500 a 1600 la formalización del comercio de España con sus colonias comenzó con la expedición de las reales cédulas de 1509, 1514, 1531 y 1535, que legitimaban el monopolio mercantil de ésta con los territorios recientemente conquistados. Para tal efecto se instalaron en Nueva España las Casas de Contratación, instituciones creadas desde 1503 con el propósito de controlar y fiscalizar el comercio y la navegación entre España y las Indias. En 1551, en Veracruz, se inició la edificación de las primeras instalaciones portuarias.

El comercio con Oriente se inició en la segunda mitad del siglo XVI, cuando se instituyó la ruta mercantil entre Acapulco y Manila. Cabe recordar que las islas Filipinas formaban parte también del Virreynato de la Nueva España. En 1593, la Real Cédula de Felipe II ordenó restringir el volumen de la carga comercial para limitar las mercancías no filipinas, los llamados "productos de la China", procurando así evitar daños al comercio español. Dado que en el puerto de Manila no se efectuaba ningún control de los embarques, la revisión aduanal se realizaba en Acapulco.

En el Virreinato de la Nueva España se estableció el llamado derecho de almojarifazgo (impuesto a la importación). La relevancia de este tributo fue de tal magnitud que la corona española dictó sobre la materia numerosas cédulas reales, decretos y ordenanzas, desde 1532 a 1817, mismas que regulaban la entrada y salida de mercancías; incluso ya se habla de franquicias diplomáticas por la introducción de mercancías.

Debido a los constantes ataques de los barcos piratas ingleses y franceses a los puertos de Veracruz, Acapulco y Campeche, en 1597 se dispuso que los oficiales a cargo de la Casa de Contratación se trasladaran a la Banda de Buitrón, lugar situado frente a San Juan de Ulúa, hecho que permitió que en 1601, por órdenes de Felipe II, se instalara la aduana en tierra firme. En 1647, el rey Felipe IV vio la necesidad de que la ciudad contara con una aduana cerrada donde fueran captados todos los productos que entraban al puerto.

El virrey Casafuerte expidió en 1728 una cédula a fin de que ninguna de las mercancías que ingresaban al puerto de Veracruz pudiera bajarse a tierra sin el consentimiento del oficial de justicia o regidor. La pena por incumplimiento era el decomiso de los productos. El establecimiento de la Real Aduana del puerto de Acapulco se verificó alrededor del año 1776.

El primer documento legal aduanero del México independiente fue el Arancel General Interno para los Gobiernos de las Aduanas Marítimas en el Comercio Libre del Imperio, publicado el 15 de diciembre de 1821. En este documento se designaron los puertos habilitados para el comercio, se especificó el trabajo que debían realizar los administradores de las aduanas, los resguardos y los vistas; además se plantearon las bases para la operación del arancel, estableciendo que los géneros, las mercancías de importación prohibida y las libres de gravamen quedaban a criterio de los administradores de las aduanas.

En el año de 1831, México firmó un tratado de amistad con los Estados Unidos, uno de sus primeros convenios en materia de comercio internacional. Por disposición presidencial se creó la Aduana de México en 1884 y se instaló el 8 de mayo en el antiguo edificio de la Casa de Contratación y de la Real Aduana en la plaza de Santo Domingo.

El 19 de febrero de 1900 se constituyó por decreto presidencial la Dirección General de Aduanas, conformada por seis secciones. El 17 de octubre de 1913 se firmó el decreto por el cual se crearon ocho secretarías de Estado para el despacho de los negocios administrativos, entre ellas la Secretaría de Hacienda y Crédito Público y Comercio, con atribuciones sobre aranceles de aduanas marítimas y fronterizas, vigilancia, impuestos federales y otros conceptos.

Con la publicación de la Ley Orgánica de la Administración Pública Federal, el 29 de diciembre de 1976, se publicó un nuevo Reglamento Interior de la Secretaría de Hacienda y Crédito Público el 23 de mayo de 1977, quedando integrada por la Subsecretaría de Hacienda y Crédito Público; la Subsecretaría de Ingresos; la Subsecretaría de Inspección Fiscal, a la que se encontraba adscrita la Dirección General de Aduanas; la Oficialía Mayor; la Procuraduría Fiscal de la Federación y la Tesorería de la Federación.

La Ley Aduanera, publicada el 30 de diciembre de 1981, contenía la terminología utilizada internacionalmente; se simplificó la estructura de los recursos administrativos, remitiéndose a los previstos en el Código Fiscal de la Federación y se regía por un nuevo principio de confianza en el contribuyente, a través de la autodeterminación del impuesto; se recopilaban las normas de valoración de mercancías; se promovía la industria maquiladora y las empresas Pitex, y se definieron los regímenes aduaneros que conocemos actualmente.

México se incorporó en 1986 al Acuerdo General sobre Aranceles Aduaneros y Comercio (GATT), y en mayo de 1988 al Consejo de Cooperación Aduanera (CCA), que tienen por objeto armonizar y facilitar el comercio internacional.

En 1989, la Dirección General de Aduanas quedó asignada a la Subsecretaría de Ingresos, mediante la reforma del Reglamento Interior de la Secretaría de Hacienda y Crédito Público y el 25 de enero de 1993 se publicó la reforma al Reglamento Interior de la Secretaría de Hacienda y Crédito Público, en la que se modificó el nombre de la Dirección General de Aduanas por el de Administración General de Aduanas y se estableció la jurisdicción de 45 aduanas en el país.

A partir del 1 de julio de 1997 se creó el Servicio de Administración Tributaria (SAT), al cual quedó adscrita la Administración General de Aduanas.

Con el fin de facilitar la operación mediante métodos de control, se instrumentó el Sistema Automatizado Aduanero Integral (SAAI), así como el sistema de selección automatizado en los reconocimientos, lo que conocemos como semáforo fiscal. Se delegó la responsabilidad de clasificar, determinar el valor en aduana y el origen de las mercancías a los agentes aduanales, quedando a cargo de la autoridad sólo la facultad de verificación del cumplimiento de esta obligación, así se redujo la discrecionalidad de los empleados en la aduana.

A partir del año 2000 se hicieron algunas modificaciones, principalmente en el manejo, almacenaje y custodia de mercancías de comercio exterior; el ingreso o extracción de mercancías por vía postal; el reconocimiento aduanero de mercancías; la valoración aduanera; la garantía de contribuciones para el régimen de tránsito de mercancías, los procedimientos administrativos y las infracciones aduaneras, entre otras.

Pese a todo lo anterior, el cumplimiento de las obligaciones en esta materia ha significado cambios relevantes, de los cuales algunos se han sistematizado en forma electrónica y muchas reglamentaciones no se encuentran publicadas a través de los medios legales y sólo una clase privilegiada y selecta de usuarios conocen estos procedimientos regidos a través de manuales, circulares o boletines, que dan a conocer de manera interna las autoridades aduaneras.

Las aduanas en México son de gran importancia para la estabilidad económica y social del país, sin embargo, su funcionamiento actual ha quedado rebasado por la globalización y tendencias internacionales, condiciones que urgen el análisis de la estructura de la Ley.